Patronatua da fundazioaren gobernu-organoa eta erakunde sortzaileek osatzen dute: Bilboko Udalak, Bizkaiko Foru Aldundiak eta Eusko Jaurlaritzak. Bestetik, pertsona fisiko eta juridikoak egongo dira barruan. Izan ere, euren ekarpen esanguratsuak edo museoei buruz daukaten ezagutza zientifiko edo teknikoa direla-eta, sorrera-helburuaren lorpena ahalbidetzeko aukera handiagoa daukate.

Reunir, conservar, estudiar y exhibir la colección de arte antiguo, moderno y contemporáneo del Museo de Bellas Artes de Bilbao, procurar su enriquecimiento, mantener servicios y promover actividades de calidad con el fin de contribuir decisivamente a la educación de la sociedad y a la proyección de los valores culturales de la Comunidad Autónoma Vasca.

Fundazioko beste organo garrantzitsuetako bat aholku batzorde artistikoa da. Batzordearen eginkizun nagusia da museoari laguntzea, bere funtzionamenduari eta arlo zientifikoko eta erakusketa-arloko ildoen plangintzari buruzko gai guztietan. Batzordea Javier Viar museoko zuzendari jaunak 2003.eko ekainak 9an proposatuta onartu zen eta aholkulari hauek osatzen dute:

• Jorge de Barandiaránek (Bilboko Arte Eder Museoko zuzendari ohiak),
• Kosme de Barañanok (arte-kritikariak eta komisari independentea),
• Alfonso Gortázarrek (pintorea eta EHUko pintura-irakasleak),
• José Milicua Illarramendik (Bartzelonako Pompeu Fabra Unibertsitateko katedradun emerituak),
• Vicente Larreak (eskultoreak),
• Mikel Lertxundik (ikertzaileak),
• Marco Livingstonek (arte-kritikariak eta komisari independentea),
• Tomàs Llorensek (Madrilgo Thyssen-Bornemisza museoko kontserbadore buru ohia),
• Pilar Mur-ek (Bilboko Errekalde aretoko zuzendariak),
• Javier Riañok (Bilbao Arte Fundazioko zuzendaria) eta
• Pierre Rosenbergek (Louvre museoko zuzendari ohiak).

Fundazioak, bestalde, hainbat mekanismo eskaintzen dizkie kide indibidualei zein erakundeei museoan parte hartzeko.

Bilboko Arte Eder Museoaren Lagunak Zerbitzua 1981ean jaio zen. Zerbitzu horren bitartez, Museoko bizitzan modu aktiboago eta zuzenagoan parte hartzeko bidea eman nahi zaio gizarteari.

Urteko diru-laguntzaren truke, Museoaren Lagunek zenbait pribilegio lortzen dituzte, hala nola sarrera, informazioa eta Museoaren jardueretan lehentasunezko parte-hartzea.

Bilboko Arte Eder Museoak Kide Korporatiboentzako Programa proposatzen die enpresa edo erakundeei, Museoaren eta bertako jardueren garapenari laguntza emateko prest egonez gero.

Parte hartzeko formula desberdinak eskaintzen ditu Museoak eta kide diren erakundeen laguntza jende artean ezagun egiteko ahalegina bermatzen du.